Da bei der Dünnschicht-Chromatographie die Oberseite offenliegt, können sich vergleichsweise noch mehr Fehler einstellen als bei der Säulen-Chromatographie. Da gegen treten Temperaturschwankungen durch Adsorption und Desorption in de Dünnschicht naturgemäß nicht in Erscheinung. Andererseits ist eine dünne Schicht gegen mechanische Beanspruchung empfindlich.

Bei aggressiven Manipulationen, u. a. auch bei wiederholten Reagenzienbehandlungen mit Säuren oder Höchsttemperaturen, empfiehlt sich bei den bindemittelfreien Präparaten ein Zusatz von 5-15% Gips oder ca. 10 % Stärke. Es muß aber im Einzelfall sichergestellt werden, daß Gips die Trennung nicht verhindert bzw. die Trennsubstanzen verändert, wie es z. B. bei Nucleotiden der Fall sein kann. Über die absolute Unversehrtheit und Sauberkeit der Dünnschichtplatten vgl. Seite9.

Die Trocknung frisch beschichteter Platten soll ohne Luftzug (offene Fenster oder Türen!) erfolgen, da sonst Rißbildung auftreten kann. Die Laufstrecken müssen möglichst gerade und die Lösungsmittelfront möglichst waagerecht sein. Störungen hierin können z. B. ausgelöst werden durch eine unvollständige Abdichtung des Gefäßes. Außerdem ist das Entwicklergefäß stets gleichmäßig zu temperieren, da die Nähe einer Heizung oder Sonneneinstrahlung stets zu Fehlern führt, z. B. durch Unregelmäßigkeiten in der Fließmittelfront.

Das Abplatzen von Schichtteilchen tritt gern an den Stellen ein, die vor dem Erhitzen (z. B. beim Aktivieren oder als Reagenzhilfe) nicht völlig trocken waren. An dieser Stelle sei auch bemerkt, daß das Eintrocknen der Analysentropfen, die nur einen runden Fleck von ca. 5-6 mm Æ ergeben sollen, auch durch einen Fön beschleunigt werden kann. Dies ist besonders zu empfehlen, wenn auf ein und demselben Startpunkt mehrere Tröpfchen hintereinander aufgetragen werden sollen, wobei zwischendurch immer wieder getrocknet werden muß.

Eine Schwanzbildung der Flecken zeigt an, daß störende Stoffe vorhanden sind oder noch nicht das richtige Lösungsmittel gefunden wurde. Durch andere Wahl des Sorptionsmilieus (Zusammenwirken der drei Komponenten Sorptionsmittel, Lösungsmittel und Trennsubstanzen) kann meist Abhilfe geschaffen werden. Sei besonderen Schwierigkeiten benutzt man einen Konzentrationsgradienten, d. h. man "staucht den Fleck zusammen". Dies geschieht dadurch, daß man z. B. dem apolaren Solvens, mit dem die Trennung beginnt, langsam im steigenden Maße ein polares Solvens zumischt. Dadurch wird (vgl. hierzu die eluotrope Reihe, S. 10) der RF-Wert der im Schwanz festgehaltenen Substanz größer, und sie vereinigt sich dabei wieder mit dem Hauptfleck.

Bleiben die Flecke am Startpunkt, so muß das Sorptionsmilieu entweder durch eine weniger aktive Schicht oder ein mehr polares Solvens geschwächt werden. Wandern die Flecke zu weit, dann ist der umgekehrte Weg einzuschlagen.

Bei unvollständiger Trennung versucht man einen längeren Trennweg, u. U. mit Hilfe der Durchlaufmethode, bzw. eine zwei-dimensionale Trennung (vgl. Seite 13).

Artefaktbildungen der Trennsubstanzen (ebenso wie die einiger Lösungsmittel, vgl. Seite 10) können bei falscher Wahl des Adsorbens durch pH- oder katalytische Einflüsse hervorgerufen werden, insbesondere auch, wenn die Aktivität zu groß ist. Die Gefahr der Autoxydation ist auf der Dünnschichtplatte besonders groß; evtl. benutzt man ein Schutzgas.

Eine gute Handhabung der normalerweise auf der gesamten Oberfläche vorhandenen dünnen Schicht erreicht man durch Abstreifen einer ca. 2 cm breiten Zone an einer Kante der Platte nach dem Beschichten (noch vor dem völligen Abtrocknen). Weiter empfiehlt es sich, an den beiden Längsseiten je einen ca. 3-4 mm breiten Streifen zu entfernen. Dann kann man mit den Platten jederzeit gut manipulieren.

Die RF-Werte sind nur Anhaltspunkte und keine absoluten Kennzahlen (etwa im Sinne eines Schmelzpunktes). Die Reproduzierbarkeit hängt von so vielen Kautelen ab, daß diese kaum 100%ig eingehalten werden können. Es müssen stets Vergleichssubstanzen mitlaufen, wenn eine einwandfreie Identifizierung erreicht werden soll.